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1913 年 10 月。日之本是一个因大规模铁路线关闭而导致大部分铁路消失的国家。楠是位于熊本县的大市屋市场。通过以蒸汽机车 8620 及其铁路同伴八六为中心的旅游推广，疲惫不堪的经济得以重建。该城市取得了巨大的成功，并成为铁路修复的圣地。为了进一步增强复苏势头，并促进全国各地铁路运营商和马伊特铁路之间的交流，计划举办第1届Maitetsu节。用于控制铁路车辆运行的人形模块“铁路”也由各自的主人从全国各地集结。受到人类每天举行的会议的启发，女孩们决定也想做点什么。铁道峰会由著名铁路公司铃木站主办。他们聚集在车站前的“Amagiro咖啡厅”，绞尽脑汁想要给Maitetsu祭增添更多的色彩。
故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
我，丹神秦风，为救天下苍生而死，却没想到一睁眼重生到了十万年前的世界。 丹神只能炼丹？ 不！这一世我要丹武双修，逆境突破，重振家族！看我如何用十万年的记忆活出不一样的成神之路！ 重活一世，必要逆天改命、登峰造极！
