本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
社会在“前所未有的大灾难”的冲击下持续动荡不安。住在东京的青年浅野铃四郎有一个难以启齿的秘密，就是他可以暂停时间的流逝，拥有停止时间的力量。直到有一天，浅野铃四郎遇到了拥有同样超能力的少女桥本荠，并在得知桥本荠的能力被利用于犯罪行为后，冲动地帮助了身陷囹圄的她……
故事发生在遥远的月球之上，彼时，那里已经变成了适宜人类居住的星球。某日，来月球旅行的遥大地（松冈洋子 配音）邂逅了名为“兔人”的月球种族，他们告诉遥大地，他们位于月球内层的星球遭到了邪动族的侵略都和霸占，为此，他们踏上了寻找能够对抗邪动族的勇士的旅程。
距离寇拉和瓦图大战后已经过了几个星期了，那场大战对世界造成了改变，有一些无宗术者因那场大战后，意外成为了气宗，寇拉和坦辛认为应该要引导他们成为真正的气宗，所以寇拉一行人前往出现了许多气宗的地方 土强国，决定把那些成为气宗的人集合起来带到北方大气寺去训练他们， 重振气和族，但这时有四位身手高强的人出现并以绑架神通为目标，寇拉又再度面临新的危机。
乐阳是一个乐天向上、热爱探索的男孩，无论什么事情，他都有着浓厚的兴趣，他最喜欢的就是研究太空和宇宙生命的知识，乐阳的爸爸也是太空迷，他很认可孩子这种勇于探索的热情，也相信人类必将更多地接触到外太空，所以十分支持他去主动探索。暑假的一个晚上，乐阳在家门口看着一本讲解宇宙生命体的书，正当他眼睛累了，准备歇息一下的时候，突然，一个不明物体从天而降，像流星一样落下，不偏不倚正好砸在乐阳的头上，让他摔个四脚朝天。乐阳吓了一跳，他赶紧从地上爬起来，看看到底是什么东西，细看之下，原来是一个像陨石一样的小圆球。可这到底是什么，乐阳弄不明白，于是拿给爸爸研究。仔细研究之后，爸爸发现这个小东西来头不简单，它有着能够和外星生命体产生联系，进行沟通的神奇功能，但是，这不是一般人能够使用的，必须到一个专门的教育机构去学习，才能掌握它的使用技巧。要学会使用这个小东西，学问还真不...
