一条突如其来的裂缝，让喜羊羊和灰太狼流落到陌生的异世界。在寻找回家的路上，两人穿梭各个奇妙神秘的异世界，不仅结识了熟悉又陌生的朋友，还揭开了裂缝制造者的真正身份及其背后的阴谋。最后，羊狼们在异世界朋友的帮助下，合力将幕后黑手击败， 再一次拯救了世界。
在故乡村子过着和平生活的退休冒险者贝尔格里夫，某天在附近的森林捡到一名被遗弃的女婴，就将她当成自己的女儿取名「安洁琳」独自抚养长大。
江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。
