《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
原本相看两生厌、互不信任不会武功的文治皇帝和舞刀弄枪的武将皇后因意外互换了身体，不得不接受现实的两人，在扮演对方身份的过程中，解开了误会，学会了爱与信任。结发为夫妻，恩爱两不疑。
墨菲一家以参加镇上的阵亡将士纪念日游行来开启他们的夏天，在那里，他们对新生儿压抑的沮丧和恐惧爆发了。
一个名叫桑杰·帕特尔的小男孩和他的会说话的宠物蛇克雷格的冒险总是奇怪且常常令人恶心。
