官方宣布第二季
X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？
方木是绿藤市公认的犯罪心理学天才，在与警察邰伟联手破获一起离奇的校园连环杀人案中，经历了他一生难以弥合的创伤，因而颓废沉沦，甚至自欺欺人地选择将一切遗忘。然而魔鬼的挑衅却从未停止，又一起神秘的连环凶案让方木身陷囹圄。他不得不撕开自己永远不愿面对的伤疤，凝视自己内心的心理罪，与身份诡秘的魔鬼缠斗……罪犯心理到底藏着什么样的秘密？凶手为何与自己的黑暗面如此相似？魔鬼与天使的分界为何不再清晰？方木被迫站在了宿命的十字路口……是凶手更加狡猾冷酷？还是方木更加深不可测？一场天才之间以死亡作代价的猫鼠游戏已经展开，答案你永远猜不到……
流浪的孤儿Sarah（塔提阿娜·玛斯拉尼 Tatiana Maslany 饰）目睹一个女人自杀，因为与死者长的极为相似，遂决定假冒死者的身份领取一笔数目可观的存款。然而Sarah万万没有想到，自己竟然闯进了一个危险的谜局。在“扮演”死者的同时，Sarah发现了一个惊人的事实：她和自杀的女人其实都是克隆人，而且这批克隆人不止她们两个。不法组织为了达到不可告人的目的，创造了一批克隆的胚胎并将她们植入毫不知情的普通夫妻体内，让她们在不同的环境中出生、成长。没有人知道是谁创造了这些克隆人，也没有人知道他们的最终目的。这些克隆人必须尽快查明真相，否则一切都晚了，因为一个刺客正在将她们一个一个暗杀。
卧底探员陈凤翔（陈小春 饰）在破获一宗社团大案之后，转任文职八年被反黑组重新招回。由于江湖上最令人头痛的黑社会头目正是陈凤翔当年的小弟张志强，陈重出“江湖”，加入以张少钧（陈国坤 饰）为首的反黑B1-1组与新晋恶棍展开周旋，其中不乏昔日好友与仇家，令陈一度进退两难，好在陈与队友在合作期间培养出互信默契。正值香港回归还有三年，黑帮打算乘势大干一票。陈在调查一宗龙头棍的失踪案件时，却发现了涉及香港黑社会百年历史的惊天大阴谋。
欧阳海潮（温碧霞）自幼生活在育幼院，多年来，她的助养人Uncle Rain一直是她认知外面世界的窗口，不间断的通信令两人建立了深厚的感情，遗憾在缘悭一面。踏入社会的海潮与失散多年的母亲（罗兰）重逢，得知自己的悲惨身世，决定向迫使她家破人亡的乔永发（黄伟）报仇，而目睹母亲被欲斩草除根的乔永发杀害后，她更加重了复仇的念头。海潮忍痛与相恋多年的男友方有为（尹杨明）分手，又一改清纯形象变作成熟性感女郎，自造机会结识为人阴险的乔家三公子乔力（罗嘉良），两人很快打得火热，期间心情，她化为文字向Uncle Rain倾诉，只是信件均未寄出，她不知Uncle Rain就是乔家性情温良的二公子乔立（温兆伦）。而乔立将海潮认出时，数次欲将身份挑明总不得机会。其后海潮命运多舛，她与乔立的情感也浮浮沉沉。
