《海底小纵队 第十一季》继续带领小朋友开启冒险。队员们深入海底、穿越丛林、探索极地，救助各类动物。在北极应对雷暴，助丽色凤头燕鸥回归；护草原犬鼠、熊猫等动物，处理海鼻涕、森林大火等问题；还探索洞穴、见证物种迁徙，传递环保、合作与勇气的理念，强化生态保护意识。
双亲因飞机失事而去世的龙一&虎太郎兄弟。收养了这两人的是，同样因事故而失去儿子儿媳的森之宫学园理事长。但条件是，龙一必须在学园内设置的保育室负责照顾小孩！为了做母亲的老师而在学园内设置的保育室。为了补足那里的人手不足而创设的“育儿部”，龙一成为了部员第一号……！？
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
