身怀灵气转化天赋的沈甜，同伙伴深入幻雾沼泽寻灵物，遭遇可幻化人形的守护生灵，对方复刻她的容貌制造迷局。众人依靠专属回忆戳破幻境，辗转多地集齐五样灵物，一路受万千异兽帮扶。殊不知暗处敌人早已布下连环圈套，无数真假难辨的幻象与凶险考验，正等候他们踏入。
在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
神秘生物的出现，宣告着地球将成为名叫渊种怪物的游乐场。只有击败所有的渊种，才能取得胜利。一旦失败，地球将沦为神秘生物的食物，作为肥料的人类却有了一批生猛的力量。
故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
佐伯丽奈（原奈津子 配音）是一名平凡的高中二年级女生，个性十分开朗活泼的她对世间的一切都充满了浓重的好奇心。朝比奈凉香（藤田奈央 配音）是丽奈的同班同学，一头利落短发的她，性格像男孩一样大大咧咧，不仅运动神经非常发达，成绩也常年霸占年级第一名的宝座。五十岚琉璃子（徳井青空 配音）是丽奈青梅竹马的玩伴，沉默寡言时常放空自己的她实际上拥有超强的灵感力，常常能看见别人看不见的东西。
