顾千羽因为童年的一场车祸，父母双亡，因此给他造成了一定的心理创伤后遗症。长久以来，顾千羽从不敢奢望爱与被爱，甚至无法与他人靠近。直到曾繁星像一道温暖的阳光，机缘巧合，走进了他的生活，他的世界。
在第四季（2021年）中，故事主线的审讯组意外解散，每个人被分配到新的岗位，各自踏上不同的道路。在此背景下，第五季将延续2022年新春特别剧，审讯组终于迎来久违的期待已久的重组。以真壁有希子（天海祐希 饰）为首，管理官·梶山胜利（田中哲司 饰）、玉垣松夫（塚地武雅 饰）、菱本进（でんでん 饰）、小石川春夫（小日向文世 饰）等审讯团队将面对系列史上最强的嫌疑人。
在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
