天才剑修祝明朗为救同伴苍龙白岂变成废人，成为落魄少年，阴差阳错下，却与女武神黎云姿相遇。而后敌人驭龙而来，熊熊龙炎将荒城池吞没，只为杀落魄祝明朗泄愤。祝明朗死里逃生，化身为牧龙师，开启了自己的传奇之路。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
根据广受欢迎的短片和漫画改编的《氰化物与幸福》节目来啦！节目中展现了普通人各种滑稽搞笑的举动。无论是安全带命令某人开枪射击，还是制作热狗的外星机器人，他们都能做到！
