《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
这部剧情类剧集记录了恶名昭彰的墨西哥毒枭“矮子”华金·古斯曼崛起、被捕和逃脱的真实故事。
李子勇Thomas（林保怡／陈健朗饰）出生贫穷，年轻时为赚取母亲（张慧仪饰）的医药费，拼命打工赚钱，认识了同在茶餐厅打工的少女方小薇Sammy（周家怡／谈善言饰），自此变成好朋友。茶餐厅老板（秦沛／艾威饰）分配Thomas到比利时进行走私名表的生意，因一个重大的错误在比利时留了二十年，并结识了出生入死的红颜知己Judy（李思函饰）。四年前，Thomas返回香港跟Sammy一起开办餐厅，并重遇在比利时结识，何乐儿Joyce（卫诗雅／杨偲泳饰），二人一拍即合，很快便走在一起。Thomas及后发现Joyce与一名为胡启源（陈奂仁／黄定谦饰）亦已拍拖八年，并与一名人妻梁淑媛Catherine（伍咏薇饰）育成子（岑珈其饰）。六人关系扑朔迷离。命运让他们的人生交错，相遇，相识，相处，相分到重遇，纠缠一辈子的爱恨，换来一声叹息。
任慕妍（唐艺昕 饰）和张瀚宇（陈晓东 饰）彼此相恋，但这份真挚纯洁的感情却敌不过冰冷的现实和张瀚宇高高在上的董事长继承人的身份。最终，任慕妍被迫离开了张瀚宇，出国深造，实际上，慕妍的腹中已经怀上了张瀚宇的骨肉，离开了爱人，慕妍只能独自将孩子生下来，取名为豆豆（张籽沐 饰）。一晃眼多年过去，任慕妍学成归来回到了伤心地，但和离开时不同，此时的她已经变得自信而强大。再见到张瀚宇时，他已经成为了他的青梅竹马范昀（毛林林 饰）的丈夫，虽然心痛，但任慕妍还是选择放下爱恨情仇，将精力放在调查破坏集团经营的主谋身上。
婚后生活并不幸福的家庭主妇笹本纱和（上户彩 饰）心中愁绪无人能知，在超市打工之际她意外结识了刚搬到她家附近的泷川利佳子（吉濑美智子 饰）以及某所中学的生物教师北野裕一郎（斋藤工 饰）。利佳子的丈夫工作体面，家境优渥，但是这个空虚的女人却沉湎不伦带来的快感。纱和起初并不认同利佳子的人生态度，可偏偏在对方的安排下和颇有好感的北野越走越近。木讷老实的北野生活中也有诸多不快，叛逆开放的学生，不将自己放在眼里的同侪以及学术上风光无限的妻子（伊藤步 饰）。他不知不觉喜欢上了单纯的纱和，两人跨越了那条禁忌之线。 另一方面，利佳子被为丈夫的杂志画插画的加藤修（北村一辉 饰）所吸引，危险的情感游戏，白日美人越陷越深……
