蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。
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时值大正十二年，东京的夜晚，那些将会出现。他们是潜藏在黑暗中，啜饮人类鲜血的吸血鬼，在更久远的时代就隐身居住在这个世界。陆军内部创设了第十六特务队来管理他们，通称「零机关」。这个部队是中岛中将为了对抗近代化列强诸国的情报战而创设，但眼下零机关的任务，是对应暗藏在东京的吸血鬼事件。被分配到此项工作的是──最强人类的前田义信大佐，国内等级最高的吸血鬼且机关新人栗栖秀太郎，智力是规格外的山上德一，从江户时代就存在至今的须和（暂译，原文スワ），喜爱未衰老大脑的疯狂科学家竹内（暂译，原文タケウチ）。──以上，是零机关实行部队的成员。不断增加的吸血鬼们，暗中行动的影子，神秘人工血液的存在，冷眼静观这些事态的是，虽然年龄超过300岁，外表却与小孩无异的S等级吸血鬼戴夫罗特（暂译，原文デフロット）。零机关今日，穿梭于大正浪漫的夜晚之中。
鼬鼠、兔子、海狸、猫头鹰以及蜥蜴五个 主人公带着小观众们一起进行探险旅行， 传播野生动物知识，培养小朋友认识大自 然的兴趣。
蓝原柚子（竹达彩奈 配音）是一名高中一年级的女生，外表看上去非常时尚的她，实际上却是一个内心里意外的天真，一点恋爱经验都没有的纯情女孩。由于家庭的原因，柚子进入了一所女子高中就读，这让柚子的心里非常不满，因为在这里，她能交到男朋友的概率简直微乎其微。刚刚入学的第一天，柚子便和学生会长芽衣（津田美波 配音）相遇了。芽衣是学校里公认的美人，无论是外表还是成绩还是家世都将其他的同龄人远远的抛在身后。柚子因为一场误会而对芽衣的影响极为糟糕，更糟糕的是，当她回到家里时发现，芽衣竟然成为了她的义姐，两人即将住进同一屋檐下。
宁静的小镇村住着一位神秘的尤教授，他通过科学实验创造出了三个拥有超级力量的完美女孩，她们的名字分别是：泡泡、毛毛和花花。泡泡的性格在三人之中最为天真开朗，毛毛的性格在三人之中较为暴躁易怒，花花则是天生的领袖和代言人，她们三个人互相帮助，补足对方的不足，组成了以惩奸除恶为终极使命的“飞天小女警”组合。在小镇村内设有专线供村民们呼叫飞天小女警前往帮助他们，小女警们的首要任务就是与各方反派势力斗智斗勇。三位超能小女警需要在小镇需要她们的时候出动，打击罪犯，用自己无与伦比的“女孩力量”守护家园和身边的小镇居民们。在本季中，小女警们将花费一整天的时间探索尤教授的实验室，并发现里面其实有令她们意想不到的秘密。
