宅博士的父亲宅再佳在勇敢之城探索时失踪，现场唯一留下的一副斗兽棋，也在与反派的争夺中被打散，并幻化成八只棋兽，分散在勇敢之城各个大陆。为了知道斗兽棋中隐藏的秘密，从而找到宅再佳的下落，超人们踏上了收服斗兽棋之旅。随着超人们的进一步调查，他们发现事情远没自己想的那么简单，一个更大的阴谋正逐步浮出水面。
故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。
故事发生在一个日间营地，神奇生物达利和卢米斯（半猪半飞马，半驴半独角兽）每天都在这里享受冒险，探索成长的意义，发现自我。
