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在少年向岛拓朗（水岛大宙 配音）平凡的一生中，钓鱼是他最大的爱好，他常常独自一人带着吊具来到堤岸边，享受爱好带给他快乐和自在。一次偶然中，阿拓竟然吊上了一只名叫室见（田村由香里 配音）的奇怪人鱼，这只人鱼性格开朗活泼热情，只是有些缺心眼的个性令人十分在意。就这样，阿拓和室见之间的奇妙情缘开始了。与此同时，室见的好友，成熟稳重，渴望和人类恋爱的隅田（上坂堇 配音）、和谁都能成为好朋友的素食主义者小樋（野中蓝 配音）、身材火爆自己却完全不以为意，眼中只容得下室见的富士（原田瞳 配音）等众人鱼纷纷登场了。在大海和陆地之中，会有怎样有趣的故事即将展开呢？
体力太差跑不动？老是忘东又忘西！原来人类的烦恼有可能不是自己造成的，而是烦恼星人制造的！还好，智商500的女娃博士用勇气与快乐能量创造出《超迷你战士》来帮助人类打败烦恼！虽然在大决战中暂时打退了可恶的烦恼星人，但是更强大的新烦恼星人又来了，据说他从不犯错，完美至极！与此同时，女娃博士更是面临了新挑战，有着一顶红头发，不可一世的地表最强小学生出现了！来势汹汹的他，到底是敌人还是朋友？面对不断涌现的烦恼与挑战，迷你勇和迷你萌迎难而上，一边努力进化自己，一边为人类不断战斗！有烦恼吗？快呼叫超迷你战士，打败你的烦恼！
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
