浮云司“影子”卧底陆尘因破坏魔教降神咒受到黑火诅咒，修为尽毁。度过长达十年的流亡隐居生活后，师父天澜再度现身，交给陆尘前往昆仑派寻找魔教卧底的任务，并且为修复受损的五行神盘，陆尘奉命成为昆仑派百草堂的杂役弟子。在执行任务的过程中，他结识了诸多好友与一生挚爱易昕，逐渐感受到人间温暖，同时从种种蛛丝马迹中触及到了昆仑背后的秘密，发现昆仑禁地封印的黑龙并非邪恶魔物，而一直声称为了大义的天澜竟也另有所图。认清事实的陆尘一时迷茫，在易昕的鼓励下决定正视过去，不再拘泥于所谓正邪之分，而要遵从本心行正确之事。
故事发生在皇都五区的一个僻静的小角落里，在那里，坐落着一家咖啡店，在咖啡店里工作的，是一群集结了技术精华的自律式机械人偶少女们，他们曾经以武器的身份参加了刚刚结束的战争，在战后珍贵的和平时光里，他们也想方设法的寻找着他们的人生意义。虽然有点笨拙，但做什么事情都十分认真的灰樱（和气杏未 配音）、十分擅长照顾同伴，做什么都被视为楷模的 鸦羽（楠木灯 配音）、好奇心旺盛又有些胆怯的月下（富田美忧 配音）、平易近人，对每个人都一视同仁的箒星（中岛由贵 配音），在咖啡店温暖人心的灯光中，少女们的故事拉开了序幕。
表面上看来，东云名乃（古谷静佳 配音）是一个外表可爱又有点天然呆的黑发女孩，可是，她背后醒目的发条暴露了她的真实身份——由博士（今野宏美 配音）所改造的少女机器人。虽然对于自己背后的发条感到十分自卑，但博士总是以其非常可爱为由拒绝帮助名乃进行改造。 在名乃就读的1年纪Q班中，汇聚着名乃的诸多好友们——个性过于活泼以至于经常暴走的相生祐子（本多真梨子 配音），常常陷于对同性恋情的幻想之中的美术型女生长野原美绪（相泽舞 配音），以及外表沉默安静内里腹黑毒舌的三好学生水上麻衣（富樫美铃 配音）。就这样，经常处于脱线状态的日常和激烈的吐槽在这三人之间展开了。
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
