伏魔三劍俠打敗了基比爾，阻止了惡魔族侵略地面。但由於大魔王加爾巴的詛咒，令三人永遠被封閉於一個膠囊之中。其後出現了更凶惡的妖怪軍團，飽受妖怪バックベアード困擾的主角月村圭接受了妖怪研究專家大馬博士（ダイマ博士）的七星壇儀式，使全宇宙最明亮光耀的破軍星降臨到地上，而破軍星當中就包含著三劍俠的魂魄。月村圭承繼了佐比丹的魂魄，成為了超越神的戰士超神Bibyun（超神ビビューン），而他的同學菅一郎及渡部剛，亦分別承繼了伊比路及加貝拉的魂魄，成為了超神Basharn（超神バシャーン）及超神Zshen（超神ズシーン）三位超神為了大地的和平及正義，決心與由大魔王加爾巴控制的妖怪軍團對抗到底。
残老村中住着来历莫测的九位老人和他们抚养长大的少年秦牧。一日，秦牧负责放牧的母牛竟然口吐人言，自此秦牧更加认识到大墟这片神弃之地的危险绮丽：魔神随黑暗降临、神骨于遗迹起舞、守护幼子的龙骨、拖行太阳的巨船……无论面对何种险境，秦牧都无所畏惧，将九老所传本领融会贯通，誓以举世无双的霸体闯出一片天地。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
曾经是最强机龙使的路克斯因为从来不主动攻击别人而获得了“最弱无败”的称号。5年前，他见证了因革命而亡国的一幕。然而，当他阴差阳错地闯入的女子宿舍澡堂之后，意外地邂逅了新王国的公主莉姿夏尔蒂，后来又莫名其妙地进入了培育机龙使的女子学园就读，最弱的王子的后宫战斗物语就此展开。
