故事设定在异兽入侵、全球变异的末世背景下，讲述青年明河因获得名为“神女”的灾星撞击，使原本被视为“垃圾”的超凡力与灾星融合，化作强大的“依附之灵”。他借此天赋逆袭，逐步成长为人类至强者并探索宇宙真相
一位老友归来，零水垢想帮他重新找回自己在世界上的位置。但怎么做才是正确的呢？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
圣血天使的攻击巡洋舰“巴尔之剑”号悬挂在尼亚德斯星球的轨道上，被亚空间风暴困住。舰上的星际战士们对他们的无所作为感到恼火。他们的指挥官奥菲欧舰长前往地表调查一个神秘信号，但由于大气信号失真，他和他的仪仗队无法联系到。与此同时，“巴尔之剑”号的舰长，舰长莉维亚·索尔肯，不得不应对尼亚德斯轨道塔的阻挠和干扰。塔上的权威人士究竟在试图向圣血天使们隐瞒什么秘密？
“魔法少女实力强，颜值高，动作灵活，是一个令人羡慕的职业，人人都羡慕，待遇优厚，而且很受欢迎。”
