神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
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六王毕，四海一。然天下虽定，乱世未绝。天下第一剑客，始皇帝的近卫盖聂，携故人之子荆天明，为躲避秦始皇的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。逃亡路上，天明结识了楚国少年少羽，信奉兼爱非攻的墨家众高手，还有身世成谜的少女高月等人。年少的天明对自己的身世和未来将要经历的一切一无所知，但一个关乎诸子百家，甚至是天下命运的画卷已经展开。
一次偶然中，真中淳平（铃村健一 配音）在学校的天台上发现了一位身穿草莓内裤的陌生少女，凭借着草莓内裤这一重要信息，被少女美貌迷住的淳平决心在茫茫人海之中将少女找到。功夫不负有心人，淳平终于将目标锁定在了名为西野司（丰口惠美 配音）的校园偶像身上，然而，她真的就是当初那位少女吗？ 原来，少女真正的名字叫做东城绫（能登麻美子 配音），不知真相的淳平却也渐渐的被东城所吸引，可惜此时的他已经和西野确定了恋爱关系。文化祭即将到来，淳平决定拍摄一个短篇作为作品，东城、北大路五月（小林沙苗 配音）、南户唯（水树奈奈 配音）等好友亦来帮忙，在准备作品的这段日子里，一段充满了纠葛的感情在这些人之间展开了。
鹤鸣府的继承人鹤雪是一位才貌出众、风流倜傥的青年，但到了夜晚却会化身为一名红衣男子，使出各种撩人手段，让全城女子都为之心动。杨小小是一个容貌艳丽、思想前卫的女孩，同时也对鹤雪一见倾心。一个才子，一个佳人，二人的相遇会擦出怎样的火花？
