与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
江戸時代、将軍・徳川吉宗の命により設置された目安箱に寄せられた庶民の声を受けて、「新中町奉行所」通称「蟲奉行所」が新設される。その役目は江戸に跋扈する巨大蟲を駆除すること。新米同心の月島仁兵衛は巨大蟲から江戸を守るため、先輩の同心達と共に戦うこととなる。
丹药过期怎么办？不怕！我能回溯丹药时间，你们过期的丹药我全都要！修炼功法太慢怎么办？不怕！我能将修炼功法的时间往后调上五年，功法立即是大成！身体受伤了怎么办？不怕！我能回溯身子的状态，让你的身子恢复受伤之前的样子。回到异世界发现自己是个废材？不怕！我可以修改万物时间线！
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