新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来,人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员,与研究所员齐心协力,面对强大的敌人!究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。变身!SHINKALION!
林肯·劳德是一个十一岁的男孩,和十个姐妹住在一起。在得力助手克莱德的帮助下,林肯每天都在寻找在这个大家庭中生存的新方法。
4年了,距离那场私人武装组织——天人与人类联盟军的决战过去4年了。