故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
——虽然很突然，但世界已经灭亡了。1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！
东京都中央区月岛。从江户时代开始至今已有400多年历史的“高耳神社”。被祭祀的神明，是从异世界召唤来的、完全家里蹲的精灵爱尔达。侍奉神明爱尔达的，是高耳神社的第15代巫女，小金井小糸。虽然小糸被享受现代文明和御宅族文化的爱尔达折腾得团团转，但爱尔达告诉小糸的江户文化也让她怦然心动、月岛的人们和小糸之间连绵不断的联系也让爱尔达感到自豪。但这个精灵，还是太懒散了！而且还出现了其他神社的巫女&精灵组合！？连接江户与令和的下町喜剧，开始了！
