和电影不同，《魁拔妖侠传》将承担完整讲述主角们“前世今生”的任务，并将魁拔史诗宏达的世界观全面展开。在电影中，蛮小满、蛮吉、卡拉肖克潘、阿离公主各自展现了魅力，但未来得及把全部的谜底揭开——而这些“藏起来”的故事和历史，将在《魁拔妖侠传》中一一展开。
夏古鲁亚，一个自出生以来就有阴阳眼这种能力的小孩，却因为所处的世界对阴阳眼的错误认知，一家受到了村民们的迫害。比较走运的就被教会用钱买来当圣兵作战，甚至获得民众们称之为“消灾解厄”者，而把人类的性命当作玩具玩弄的阴阳眼，就沦为“尸神”。就在一次作战当中，尸神竟然将自己的灵魂跟夏古鲁亚互换，但也失去了自己的记忆。后来得知真相之后，尸神就以夏古鲁亚身分展开了新的人生。并转世到另一个平行空间˙新宿，与职业杀手美纱树和情报屋缲缲合作，专门处理一些社会上的垃圾。
花垣武道是个生活潦倒的打工仔，有天，他得知国中时交往的唯一一个女友橘日向，遭罪凶恶的恶党组织“东京卍会”杀害。
在英国某个村庄，吸血鬼和食尸鬼横行霸道，祸害人间。旨在消灭反基督怪物的皇家国教骑士团（Hellsing）派出强大、恐怖的吸血鬼杀手阿尔卡特，阿尔卡特打败邪物，也间接将倒霉的女警察西洛斯·维多利亚变成吸血鬼，进而成为Hellsing的一员。此后不久，Hellsing总部遭到近乎毁灭性的入侵，随着各种离奇事件层出不穷，一个名为“千禧年”的邪恶组织慢慢浮出水面。他们全由纳粹战败军官组成，为了一雪二战之耻，这群战争狂人不惜制造一支吸血鬼军团。搅合了多方势力的正邪大战就此拉开序幕……
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所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
