明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……本片根据同名漫画改编。
神圣世家家主沈鸿图穷匕见，唆使叶宗养子叶寒刺杀叶宗。叶宗中毒性命垂危，所幸有聂离相救。误以为叶宗身死的沈鸿，决心在兽潮后的会议上诬陷聂离等人，借机铲除障碍并一举谋反。而聂离有沈冥和云华执事两位人证在手，神圣世家勾结外敌一事暴露，成为众矢之的。
观束总二（岛崎信长 配音）是一位各方面看来都十分平凡的高中男生，要说唯一的不同，那就是他对于双马尾发型有着超乎常人的热爱和执念。某日，一位名叫朵艾儿（内田真礼 配音）的神秘女子突然出现在总二的面前，来自异世界的她的出现彻底改变了总二的一生。城镇之中忽然出现了大量来自异世界的怪物，彻底搅乱了人们平静的而生活，朵艾儿赋予了总二变身的力量，总二变身成为了红马尾战士（上坂堇 配音），展开了和异形的殊死搏斗。随着时间的推移，津边爱香（相坂优歌 配音）变身的蓝尾战士，神堂慧理那（赤崎千夏 配音）变身的黄尾战士，依丝娜（日笠阳子 配音）变身的黑尾战士纷纷加入战局。
新的篇章开始了。血剑冒险的下一阶段是恶魔居住的红灯区。
