故事发生在遥远的2061年，网络成为了维系社会平衡不可或缺的存在，并且已经发展到了凭借意识就能够自由连结的地步，然而，网络的极度发达带来的却是个人信息的不断泄露和被篡改，并且因此而引发了一系列严重的社会问题，犯罪事件频发。
残老村中住着来历莫测的九位老人和他们抚养长大的少年秦牧。一日，秦牧负责放牧的母牛竟然口吐人言，自此秦牧更加认识到大墟这片神弃之地的危险绮丽：魔神随黑暗降临、神骨于遗迹起舞、守护幼子的龙骨、拖行太阳的巨船……无论面对何种险境，秦牧都无所畏惧，将九老所传本领融会贯通，誓以举世无双的霸体闯出一片天地。
现代超市老板赵守业绑定“超市系统”穿越大乾饥荒年。绝境开局，他将现代超市里的廉价百货，化作乱世中活命的仙丹与造神的法宝，以‘降维打击’般的科技狠活轻松收服天下奇才，更凭一辆摩托征服皇帝，两人骑着重机车结为过命兄弟。赵守业祭出无人机轰炸、全息投影与“没良心炮”，用现代工业魔法对冷兵器大军展开嚣张的降维打击，平定乱世、肃清朝堂。
深月绫进入了以淑女教育著称的黑美女子学院，意外发现校内备受瞩目的“白百合大人”——夜绘美绪，在无人的教室里沉迷于格斗游戏。由于校规禁止游戏，美绪要求绫严格保密。然而，再次相遇时，美绪识破了绫同为游戏玩家的身份，并恳求与她一较高下。面对美绪对游戏纯粹的热情，绫虽心生抵触，却未表现出理解她为何放弃游戏的态度，最终接受了挑战。在较量中，两人作为稀有的女性格斗游戏玩家，逐渐理解彼此，建立了深厚的友谊。随后，她们冒着被退学的风险，与同为隐藏游戏爱好者的前辈一之濑珠树和犬井夕一起，更加投入地沉浸在格斗游戏的世界中。
据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
