续集从第二季第14集开始。故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。
苍云界，仙魔两道相争不断。 徐长青出身青莲剑谷，一心想当剑仙，好景不长，苍月宫第九魔将入侵青莲剑谷，徐长青爷爷牺牲，徐长青获得“青莲帝剑”的认可，与第九魔将对抗不敌。后昆仑太白剑仙秋无涯赶到，击退魔门，将徐长青和牧紫熏带至昆仑。昆仑众真人想夺青莲帝剑，被秋无涯呵止。徐长青觉醒了自己的仙灵“混沌聚灵碑”，被秋无涯收作弟子。在仙剑大比中，徐长青击败夏青候夺得头冠，获得进入昆仑禁地的资格，为了找到能够复活爷爷的不老神泉，徐长青选择踏入凶险的昆仑禁地。
唐门外门弟子唐三，因偷学内门绝学为唐门所不容，跳崖明志时却发现没有死，反而以另外一个身份来到了另一个世界，一个属于武魂的世界，名叫斗罗大陆。这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有神奇的武魂。这里的每个人，在自己六岁的时候，都会在武魂殿中令武魂觉醒。武魂有动物，有植物，有器物，武魂可以辅助人们的日常生活。而其中一些特别出色的武魂却可以用来修炼并进行战斗，这个职业，是斗罗大陆上最为强大也是最荣耀的职业“魂师”。.
四谷友助（上村祐翔 配音）是一名中学三年级的男生，在班上友助属于默默无闻的那类学生，他既不喜欢结交朋友，在课业上也平平无奇，总是独来独往。一天放学后，友助在意外中穿越到了异世界，让友助震惊的是，他在这里竟然遇见了同班同学新堂衣宇（久保田梨沙 配音）和箱崎红末（和气杏未 配音），她们一个是班级里人气极高的美少女，另一个则体弱多病，总是在病假中。然而，在这个世界里，他们三人是并肩作战的伙伴。
[TV动画] 明日方舟 [RISE FROM EMBER] 制作确认！博士，很高兴再次见到你。
