《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
岩谷尚文（石川界人 配音）是一个内心里充满了正义感的青年，对世界上发生的很多不公平的事情都深感愤怒。一次偶然中，他被传送到了异世界里，成为了能够使用各种各样不同功能的盾牌的盾之勇者。本以为可以就此展开伸张正义的旅途，哪知道刚刚过去几天，他就经历了战友的背叛，而且丢掉了所有的财物。尚文发誓再也不要信任这个世界里的任何人了。
表面上看来，真宫樱（井上麻里奈 配音）只是一介平平无奇的女高中生，然而，童年时代的特殊遭遇让她拥有了能够看见幽灵的特异功能，亦改变了她原本风平浪静的生活。一次偶然中，真宫樱遇见了名为六道轮回（石川界人 配音）的少年，敏感的樱很快就发现了少年的半人半神的真实身份。原来， 六道轮回拥有着一半的死神血统，因此而肩负着超度亡灵的重任，他的正直和善良吸引了樱的注意，两人联手，将一个又一个无法安息的亡魂送入了轮回之轮。随着时间的推移，樱渐渐发现，原来六道轮回的奶奶魂子（雪野五月 配音）正是曾经救过自己性命的死神，而她特殊的命运早在那一刻就已经决定。
上杉风太郎（松冈祯丞 配音）是就读于高中二年级的平凡男生，唯一的亮点就是学习方面异常的优秀，每次考试都能得到满分。上杉的家境非常的贫穷，欠下了巨额债务，为了还债，上杉不得不开始勤工俭学，受中野一家人的聘用，成为了中野家五姐妹的家庭教师。
