从小便能看见妖怪的少年夏目贵志。自从他从祖母玲子那里继承了与妖怪成为主从并将其名字书写在上的契约书“友人帐”以来，便与自称为保镖的妖怪猫咪老师一同，开始了将名字返还给妖怪的每一天。夏目与各种各样的妖怪与善良人们相遇，在构筑温暖的场所同时，也反复寄托着想要守护重要之物的想法。
身体羸弱但极富正义感的少年在国术大师唐紫尘的引领下，走上传统武术的道路，一路开挂，超越自我。他体验武术人以武止戈、以德服人的精神，也将传统武术发扬光大，弘扬正气。
故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
天才少女小珍和她的冒险家爷爷发现了“恐龙小岛”，岛上种类丰富的恐龙和睦相处，拥有智慧，能与人类对话。小珍和爷爷建造了最尖端的城市“恐龙小镇”，组建了恐龙救助队“龙宝小英雄”。可是，在恐龙小镇上还有一个坏蛋科学家阿麦，总是给他们惹出了各种事端……
