这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
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拥有极高游戏天赋的打工人陆北，魂穿当下最热门游戏“九州世界”中，成为游戏NPC。然而，他一想到玩家们常常违背游戏规则，欺负游戏里的NPC，为了避免自己也有相似遭遇，他励志要在这里变强。不久，一群满怀怨气的玩家们集结起来，发誓要让游戏里的大魔头魂飞魄散。 除了陆北，他就是那个所谓的魔头！
友一班上的校外教学旅行的钱被偷了，而偷钱的那个人就是自己好朋友5人组的其中一人。那个人因为欠下2千万的债务，而偷走旅行的钱当做报名朋友游戏的报名费，想要好朋友一起帮忙还清负债。5人虽然不清楚是谁做的，可是基於友情，众人决定一起承担，参加游戏。可是事情却没有想像中的简单，因为他们里头有背叛朋友的人。
故事讲述自东京大地震的十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，而当时亲身经历了这场灾难的五十岚丸太，却因为当时的意外而失去了记忆。现在的丸太与其他同学一样过着普通而又平凡无奇的每一天，但这一切后来都被打破了。有一天，一名“红色男子”突然现身学校，并将在场所有丸太的同班同学杀害了，虽然只有丸太得以幸存，但这也彻底改变了他的命运。本应被拯救了的丸太，却被冠上莫须有的罪名并处以“死刑”，被强制送进了完全民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（亡灵幻境）”。亡灵幻境是以东京复兴为目的，在日本建立了唯一的完全民营化刑务所，表面上是为了囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是所利用死囚互相厮杀，藉此吸引大量金钱投资，并把拥有特殊能力的死囚来做实验的不人道之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太和神秘少女・白再次相遇……
《米奇妙妙屋》推出全新第五季，此季也是根据特别篇同映而出，为最终季。
