这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
“一直…想和你接触”——王子×竞争者。
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憨八龟居住在遥远的外太空星球变形星，在一场意外中，憨八龟和朋友们搭载着飞船逃往其他的星球，却在途中遭遇了空难，憨八龟一人流落到了地球上。热爱幻想的少年阿布、大大咧咧性格开朗的少女小美和智多星明仔发现了憨八龟，一行人很快就成为了好友。
