这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
由于时间公主时希的时间法术和御王黎灰的空间法术碰撞，带着叶罗丽仙境的仙子们一起进入了小朋友的内心世界。在这个充满童趣的玩具世界里，他们必须完成游戏和谜题，闯关成功才能回到原本的世界。另一边，每次整点报时，他们就可以从夹缝中回到现实世界，时希和黎灰通过四时钟看见了宇宙的奥秘，奇幻的星系、地球之外的天文世界瑰丽的展现
故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。
在英国一个远离城镇的农场，自我感觉良好的农夫独自居住在这里，不过正因为有了那些极具个性的小动物，才让他的生活充满惊险和乐趣。忠实的牧羊犬比兹尽心打理农场的一切，懒惰狡猾的小猫嘲弄其它动物，三只傲慢粗鲁且邋遢的猪随时在惹麻烦，而那群看似温顺的黑脸羊更是制造麻烦的高手。聪明睿智并且鬼点子多多的小羊肖恩见证了一次次乐事的发生。本片共收录6部≪小羊肖恩≫的经典短片，包括《洗衣日》《牙仙》《农夫的侄女》《打呼噜》《机器狗》和《马戏团》。妙趣横生的故事接连上演。
