这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
第一部： 20世纪末一个初冬夜晚，不计其数的奇异卡片突然从阴霾的天空落下，散布到世 界各地。没人知道它们从何而来，作用何在。一年后，一个世界闻名的冒险家、考古 学家向世界宣布，他掌握能将卡片变成巨兽的咒语，并能操纵它们战斗。随着幻兽的 出现，人类社会的平衡秩序被打破。政府为了改变混乱局面，组织了两年一届的世界 御兽师争霸赛。从中挑选有才能的人，以维护世界和平.故事主角之一——祺翔十分羡慕御兽师这种职业，机缘巧合得到一只幻兽momo,之后和小伙伴玄福，希茹，以及化敌为友的朋特，开始了他们圆梦御兽师的旅程，他 们经过一系列比赛的磨练，克服了种种困难，一步一步向梦想靠近，但在这时可怕的黑暗势力，正悄悄向他们伸出魔爪……
日本各地出现了异空间「魔都」──由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，因此便由女兵组成了「魔防队」。某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
故事发生在一个名为帕帕拉宿的奇幻国度之中，六年级的女孩梦川唯（伊达朱里纱 配音）一直渴望着能够成为一名偶像，然而，成为偶像对于一个平凡的女孩子来说是一件多么可望而不可及的事情啊，虽然所有人都质疑梦川唯的梦想，但她始终坚信，只要不断的努力，总有一天可以将梦想实现。某日，帕帕拉宿竟然开张了偶像主题公园美妙天堂，传闻中超级偶像真中啦啦（茜屋日海夏 配音）也要前来助阵。个性活泼开朗，非常擅长运动的虹色妮诺（大地叶 配音）、风格酷炫特立独行的学姐幸多美知留（山田唯菜 配音）、嗜钱如命的华园秀香（朝日奈丸佳 配音），霎时间，一大批可爱的偶像涌现了出来。
辰南一行人离开东褚国，拜师入学神岚学院，协同梦可儿等人共同探寻邪道破灭道的真相，同时辰南自身的身世秘密逐渐浮出水面。
虽然有着人类少女的外貌，但她却是与人类不同的存在——精灵。 他们拥有强大的能力，当他们从邻近的世界显现时，就会引发被称为“空间地震”的灾难。他们甚至被称为人类的天敌。 人类应对这种恶灵威胁的唯一办法就是用武力消灭它们，或者“去约会，让它们爱上你”！五河士道拥有通过亲吻封印精灵之力的能力。一场巨大的动荡即将发生在他身上，他用自己的力量拯救了人类和灵魂。
