邪恶头目吞天派遣手下混沌入侵地球，夺取盘古之力。地球最后的守护者——巨神守卫登场迎战却受重伤，临危之际，巨神守卫把自己的力量赋予五位面对危难依然勇于助人的少年。 混沌虽伤重败退，却在吞天的帮助下获得蛮兽卡。东山再起的混沌回到地球，通过引诱拥有负面情绪的人类，让其与蛮兽卡结合变成强大的蛮兽为己所用。虽然吞天一伙看似不可战胜，但少年们组成的巨神战击队坚信自己能挑战不可能，驾驶各具威力的机兽与邪恶力量抗争到底。
《妖神记》第173集即为《妖神记 第五季》第1集。聂离终结了一方恶霸银翼世家的统治，将段剑带回光辉之城。叶宗听闻妖主以及沈家叛变一事，与聂离商议拔除神圣世家这可毒瘤。风声走漏，黑暗公会提前引动兽潮，意图在风雪世家有所动作之前攻陷光辉之城，而这一阴谋却在聂离的排兵布阵下化为泡影。聂离设计的机关陷阱将大量妖兽阻杀于城墙之 外，唯有一只具有灵智的风雪巨猿突破重围杀入城中。叶宗独自迎战巨猿，神圣世家家主沈鸿伺机出手打算置叶宗于死地。聂离使用传奇法术卷轴暗中相助，帮助叶宗战胜巨猿，免于被沈鸿暗算，还让叶宗顺利收获风雪巨猿的妖晶。
主角樊凌霄是凌霄阁少年掌门，将一条小鲇鱼进化成了吞天噬地的灵鲲，名震天下。但在一次对决中灵鲲进化失败，竟然弑主。因为夺舍涅槃的能力，一年后樊凌霄占据他人身体再次苏醒，凌霄阁因为掌门的死亡渐渐破败了，这一次他和他的灵鲲再次带领凌霄阁走向巅峰！
故事中的妖怪，大部份出自鸟山石燕的《图百鬼夜行》和竹原春泉的《小人儿书一百故事》的妖怪画集。奴良陆生表面是一个13岁的普通初一学生，但实际却是妖怪“滑头鬼”的孙子，拥有四分之一的妖怪血统，白天是一个普通少年，到了晚上则成了一个妖怪。 儿时的他非常崇拜爷爷，并且非常喜欢爷爷手下的“奴良组”。因为父亲奴良鲤伴很早就已经去世，本应该继承“奴良组”三代目的陆生却因为不愿自己成为同学惧怕和讨厌的妖怪要拒绝继承。直到有一天，一心想成为滑头鬼妖怪元兴寺为了打击报复奴良家袭击了陆生和同学一同乘坐的校车。求人心切的陆生本能地召唤出妖怪的血统，救出了同学。最终他到底会选择成为妖怪吗？
