奥罗拉公主的出生让国王和皇后乐坏了。宴会上他们邀请来十二位仙女，为公主献上祝词。一个没有机会前来宴会的坏心肠仙女，一气之下落下诅咒：她今天受的屈辱都会报应在公主身上，公主会在18岁那年死于纺锤之下。
弗兰克（比尔·默瑞 Bill Murray 饰）是一个普通的动物园管理人，某一天，他误食了一枚被猴子啃过的苹果，一种名叫瑞克斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 配音）的病毒就这样来到了弗兰克的体内。同样是在这里，存在着一只名为奥兹（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）的白血球，这是一只特立独行的白血球，它并不满足于平庸的日常，而是想要活出精彩，活出新意。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。
影片讲述希瑞和希曼的搭助手Orko在一次新的间谍卫星测试中意外被传送到地球。Orko试图返回Eternia星球，同时也带回了两个地球的孩子Alisha（爱丽莎） 和 Manuel（曼努尔），此时正是地球上的圣诞节，孩子们自然是充满了节日的气氛，但却引来了不受欢迎的部落首领（the Horde Prime）和骷髅（Skeletor）的注意。希瑞和希曼的力量能阻止他们的打扰，让地球孩子过一个快乐的圣诞节吗？
在阳光明媚的日子里，灰太狼突然闯入羊村，虽然他被小羊羊们击退，却把村长的变身魔毯打劫回去。表现英勇的喜羊羊受到伙伴们的称赞，而懒羊羊对此反而有些愤愤不平。为了证明自己的实力，他将慢羊羊的时空照相机错认为手枪，将其偷走后闯入狼堡。得知消息的喜羊羊匆匆赶去营救，结果在混乱之中被卷入时空乱流回到了远古时代，灰太狼和懒羊羊更被魔毯互换了身体。灰太狼无意中被原始羊的千金相为驸马，懒羊羊则成为几只笨狼的首领。可怕的是有一条能把任何生物变成石头的恶龙肆虐，为了保卫原始时代的朋友们，喜羊羊他们携手挑战恶龙，懒羊羊更成为了足以改变历史的英雄人物……
