故事发生在被天空之壁分为三区块的假面骑士Build的世界，这里竟然出现了假面骑士Ex-Aid世界的敌人崩源体。面对神秘敌人而毫无应对方法的桐生战兔，他一筹莫展之时一个身体半边被金属覆盖的神秘男人在他眼前登场。 面对前所未有的危机，能拯救人类的只有那群假面骑士。凌驾前作的规模，前所未见的动作场面，不该有交集的英雄们终于相遇。谜团重重的故事即将解开……
讲述在浮游城“艾恩葛朗特”从第一层开始往上攻略的故事。
暑假临近，大家为露营地点的事而争执。大雄（小原乃梨子 配音）和静香（野村道子 配音）想去海滩，胖虎（立壁和也 配音）和小夫（肝付兼太 配音）则想去爬山。最后，在哆啦A梦（大山羡代 配音）的提议下决定去海底山探险。而到了海底，胖虎和小夫却想总想着去幽灵船寻宝，结果遇到了危险，大家也意外发现海底居然也居住着人类。进而发现亚特兰提斯和姆联邦这两个国家争相进行军备竞赛，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。勇敢的少年们能拯救地球吗？
一只叫雪球的海豚在海浪中救了一个小男孩。从那以后，他们一起无忧无虑地长大，用他们有趣的小把戏捉弄其他海洋生物。但有一天，他们平和快乐的小世界被邪恶的章鱼摧毁了。
在一个飘雪的夜晚，松鼠斯克莱特（Scrat）拿着一枚坚果穿越冰原。在经过某处时，偶然发现冰下放出亮光。斯克莱特从里面挖出一个奇怪的机器，这个机器将它和坚果带到了中世纪。它拔出了石头中的宝剑，继而受到城堡中的乱箭攻击。混乱之中，斯克莱特又被带到了角斗场，飞驰的马车让它无处藏身。原来这个机器是一个时间机，斯克莱特被迫随着机器做起了不知终点的时间旅行，旅途中各种险情频发，但即便如此，斯克莱特对坚果仍是情有独钟，念念不忘……
藏獒波弟（郭麒麟 配音）在山村长大，本该子承父业担当村庄卫士，却爱上了现代摇滚乐。为了追求音乐梦想，他进入城市，寻找乐队未果、拜师学艺受挫、屡遭狼群算计，但他坚持不懈，不仅拯救村民，还弥补了亲情上的裂痕，最终梦想成真。
由于恐龙谷缺水，导致大恐龙们反目成仇，“小足”和它四位朋友为此展开寻水之旅。一路上，小恐龙们历经暴龙的攻击，但它们仍勇往直前，成功地将遭受陨石阻塞的水源通顺，由于小恐龙的无私及勇气令大恐龙了解到共施共享的价值，而“小足”及伙伴们因此经验也学到了同心协力的意义。
狄爸（石仁茂 配音）与儿子小狄（徐娇 配音）居无定所，他每日在各建筑工地打零工，干最辛苦的活，可为了儿子将来有个好的前途，他勒紧裤带把儿子送进一所贵族学校。一天，狄爸在拉圾箱里捡到外星生物7仔，7仔像是一个万能的工具，它不但能帮小狄解决生活中遇到的各种麻烦和问题，还能源源不断地产生无尽的能量。小狄的同学蛋挞头的爸爸在一家研究所工作，发现7仔的神奇作用后，心生贪念，提出高价收购，狄氏父子根本不为金钱所动。恼羞成怒的他绑架7仔到研究所内，利用仪器压榨7仔身体内的能量。狄氏父子焦急万分，深夜潜入研究所内，救出了已经奄奄一息的7仔......
