小茜与乱马忙着应付挥舞锅铲的未婚妻、变成家禽的对手，以及好色的武术大师，天道道场的混乱场面持续上演。
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
在英国某个村庄，吸血鬼和食尸鬼横行霸道，祸害人间。旨在消灭反基督怪物的皇家国教骑士团（Hellsing）派出强大、恐怖的吸血鬼杀手阿尔卡特，阿尔卡特打败邪物，也间接将倒霉的女警察西洛斯·维多利亚变成吸血鬼，进而成为Hellsing的一员。此后不久，Hellsing总部遭到近乎毁灭性的入侵，随着各种离奇事件层出不穷，一个名为“千禧年”的邪恶组织慢慢浮出水面。他们全由纳粹战败军官组成，为了一雪二战之耻，这群战争狂人不惜制造一支吸血鬼军团。搅合了多方势力的正邪大战就此拉开序幕……
