警视厅音乐队的雨野小梦（广濑爱丽丝饰），某天突然被派往“全领域异常解决室”，通称“全决”。来到外观像神社社务所一样的本部，见到了代理室长兴玉雅（藤原龙也饰）。据兴玉所说，“全决”是从大和朝廷时代开始就存在的世界最古老的搜查机关，是专门搜查超自然现象之类的“不可解事件”的内阁官房直辖机关。只有人的身体在某一天突然消失的“神隐”，像影子一样的黑色人形突然出现的“影子男”，特定的人陷入异常心理的“狐妖”等，两人组成搭档，挑战用现代科学常识无法考虑的异常现象。
《瓜破》的主角是30多岁的女上班族舞子，她有着尚未发生过性行为的情结。舞子因为自己是唯一一个无法像平常一样体验其他人所做的事情而感到焦虑，这一事实在工作和私人时间都困扰着她。故事开始于她遇到了在复印机维修公司工作的卡吉亚。
1997年未能侦破的特殊杀人案件在13年后重现，当年一直没有追查到真凶的刑警卫峥嵘（陈建斌 饰）备受打击离开一线，而曾经初出茅庐的新警陆行知（陈晓 饰）褪去稚嫩青涩，已成为缜密细致的刑侦能手，案件的重重巧合让师徒二人再次走到了一起，合力追缉真凶。
