御苑生奈奈子进入名校青兰女子学园开始了她的高中生涯，在那里她遇到了学校的风云人物折原熏和朝霞丽并与之成为好友。不知为何，全校少女向往进入的“女青社”社长一之宫露子对奈奈子多加照顾，盛邀她成为“女青社”的一员，这同时也激起了众人的嫉妒。丽的痛楚、熏的苦笑还有露子那捉摸不定的态度，一切都源于奈奈子给哥哥的信。
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
司空震在地下城发现了机关兽并私下研究，武则天发现端倪并派上官婉儿私下调查，而尧天组织也有自己的打算……几股势力交织在一起，暗潮涌动。在最终爆发的共同危机面前，众人还是为了长安的安危，力排万难，合力解决了机关怪兽，长安城恢复了安宁。
