继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶势力世星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。
暮光闪闪是一只(略微天然呆的)紫色的独角兽小马驹，他和他的小龙伙伴史派克被导师(女王)塞拉斯蒂娅公主派去小马镇，学习友谊的魔法。他来到小马镇遇见了日后成为了最要好朋友的萍琪派，云宝黛西，小蝶，苹果杰克，瑞瑞。他们各自的特点欢乐，忠诚，善良，诚实，慷慨和魔法使他们能操控谐 律水晶，应对危机。日后他们生活在小马国小马镇，由此产生了许多故事。这群极萌的小马原本收看族群设定是小学女生，在2010年，G4却意外爆红，吸引了一堆成年男子来观看。在4chan上造成轰动的盛况并不亚于Panty & stocking。以相当惊人的速度侵蚀了欧美各大宅网。各大同人创作平台上也拿发现其踪迹。其相关的同人创作以及二次设定也正如火如荼地展开。其受欢迎程度到甚至有男性观众公开承认喜欢小马。喜欢小马的男性观众自称是"Brony"(小马哥)，并且拥有专门的讨论版。在各大游戏对战平台上常常可以见到小马的头像。
在私立星礼高等学校过着普通高中生活的高校生音羽舞樱，某一天取代了突然失踪的阳明咲成为了以Aikatsu Planet顶级偶像“花（Hana）”的身份，开始了偶像活动，但是舞樱作为Hana的事，是对大家都保密的。
位于叶佩特斯半岛，以700年历史而自豪的大国——奥尔坦西亚王国。
解决掉「不净冥王」的驱魔师私塾众人，从京都回到了正十字学园。「校园七大不可思议」、「学园祭」相继到来，等待着他们的，是欢乐的校园生活，与突然袭来的恶意。被拐走的同学、背叛的同伴、启明结社的目的.....危险而刺激的新篇，开幕！
