某日，小新（矢岛晶子 配音）一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间（真柴摩利 配音），哪知道竟被吸入了荧幕之中，穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯（小林清志 配音）的男子，在他的铁腕政策下，居民们生活得十分压抑困苦。
炎热的夏日，在海南一战中造成了重大失误的樱木花道痛下决心，剪掉了自己曾经引以为豪的飞机头，顶着一颗毛茸茸的红脑袋出现在湘北的街头。他的决意似乎没有很好地传达给身边的各位，反而遭到大家的嘲笑。正在喧嚣吵闹之时，不速之客出现在湘北的体育馆。对方是私立绿风高中篮球部的负责人惠里和外籍王牌球员迈克。绿风希望在下一场比赛前和湘北举行一场练习赛，虽然行程颇紧，但安西教练却对此意外支持。赤木他们没有想到，绿风所拥有的高手不只迈克一人，在超豪华的专用篮球场内，一场全国大赛之外的超强练习赛拉开序幕…… 本片根据井上雄彦的同名漫画改编，为该动画的第三部剧场版。
正在读初三的月岛雯是一个喜欢看书的女孩，她每次都能在借书卡上看到一个叫天泽圣司名字，因此她对这个人充满了好奇。 雯一直喜欢写诗，有一天她跟好友夕子在讨论写诗的事，夕子告诉雯自己收到了情书，但事实上夕子已有了喜欢的人。更没有想到的是，夕子喜欢的杉村喜欢的是雯，雯一时间感到十分困惑。 雯无意中来到了一个小店，原来店主是圣司的爷爷。认识了圣司之后，听到了圣司对自己理想的追求之后，也激发了雯对自己理想的追求之念。当圣司离开了到意大利学习做小提琴时，雯决定要专心写作。当雯完成了作品之后，她发现原来自己高估了自己，就这样她选择继续考高中，这时她非常想念圣司。 一天凌晨，她站到窗边，突然看到了一个熟悉的身影……
《女神异闻录 3》的动画电影版本，于 2006 年 7 月作为 PlayStation 2 游戏软件发布并广受欢迎。 “影子”是在两天之间存在的“影子时间”中出现的奇怪怪物。能与他们抗衡的，只有那些拥有被称为“Persona”的特殊能力的人。转学到私立月光馆学园的结城修，觉醒了女神异闻录的力量，并被卷入了由女神异闻录使用者组成的特殊课外活动俱乐部。然而，当俱乐部成员出于各自的原因追求影子时间的真相时，他们最终面临着难以想象的命运。
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一股新黑暗势力威胁到小马谷，六位小伙伴紫悦、苹果嘉儿、云宝、碧琪、柔柔和珍奇离开小马国踏上难忘之旅，在旅途中他们结交新朋友，遇到刺激的挑战，必须通过友谊的魔力拯救自己的家园。
讲述卡尔在艾莉去世后即将迎来第一次约会的故事。
