某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着头绪而闭上眼睛思考，却在睁开眼时发现自己已经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到了梦中的那位美女”阿廉公主…
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
特工总部迪亚大厦新增添了一个神秘的保险柜，结果引来了坏小子吉米的注意。他在两名笨蛋手下的协助下，成功将保险柜盗走，还顺带把迪亚大厦弄得七扭八歪。特工局长恼羞成怒，于是命手下去找特工腓力门及其搭档莫特德罗。腓力门是一个混迹于特工界的笨蛋，他不仅令上司十分头疼，还饱受民众的苛责。在接到局长的命令后，腓力门与莫特德罗准备出征，谁知就在此时，当年被腓力门送入监狱的暴徒特龙其母拉斯出狱，他发誓要用拳头给腓力门爆菊。经过一连串的周折，腓力门总算用特工总部开发的神秘药水使这个暴徒变成了温顺的好孩子。与此同时，吉米的罪恶勾当仍在继续……
春日部防卫队在“春日部儿童娱乐节”舞蹈比赛中，获得胜利，他们因此得到了前往印度的机会。在尽情享受印度旅游的过程中，小新和阿呆进入了一家神秘的杂货店，在那里发现了一个形状像“鼻子”的背包并买下了它。然而，这个背包隐藏着一个非常可怕的秘密。
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。
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