这季将讲到原作小说第5-9本的内容，也将“比第一季更复杂、野心更大”。紧接上季结尾，三姐弟被银行家Poe寄存在普鲁弗洛克预备学校，等待合适监护人，他们会遇见奇葩的同学Carmelita Spats。而尼尔·帕特里克·哈里斯饰演的大坏蛋欧拉夫伯爵，会伪装成欧洲拍卖商Günther来到学校。
恐怖组织“瓦干布”渗透香港，在香港掀起一场化武争夺战，飞虎队总指挥范少锋（陈豪 饰）临危受命，率飞虎队与恐怖分子斗智斗勇。飞虎队身陷瓦干布的无情杀局，特勤队警司展博文（马德钟 饰）召集警界精英张伟桦（张兆辉 饰）、张嘉轩（黄宗泽 饰）和高子乐（吴卓羲 饰）成立秘密反恐小组S Team。面对重重危机，在国际刑警许俊飞（苗侨伟 饰）的协助下，中青两代最终放下恩怨情仇，联手阻止化武病毒在香港蔓延。
早在远古，人类曾与人类以外的种族，也就是所谓的妖怪之间，发生过多年战乱。人类取胜后，妖族们答应不再使用特殊能力，彻底服从统一管理。于是，人类与他们共同成立了一个组织，并修订了一份详细的资料集。这个组织称为山河图，而那份资料集就是著名的《山海经》。
该剧描写现实的刑警世界，讲述追踪真相的人们和试图隐藏真相的人们的对决。
