本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
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初中时经历过100次心碎的爱城小太郎，终于在高中找到了女朋友！当她在神社祈祷时，爱之神出现并告诉她，她注定会在高中遇到 100 个人。然而，根据上帝的说法，如果一个人遇到了自己的灵魂伴侣，却没有爱上那个人并找到幸福，他们就会死去……与灵魂伴侣的一次次邂逅正在等待着他——小太郎将会怎么做呢？这100个女朋友的命运将会如何？ ？
所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。
