《方舟:动画系列》讲述了一个神秘的原始大陆上居住着恐龙和其他灭绝生物的故事，在那里，人类历史上所有的人都复活了。当21世纪澳大利亚的古生物学家海伦娜·沃克在灾变发生后在方舟上醒来时，她必须学会生存并找到新的盟友，否则就会再次死在残忍的军阀之手——与此同时，她要努力揭开他们陌生新世界的真实本质。
为了那一抹璀璨的蓝色，我们无怨无悔，为了生命得以延续，没有什么可以阻止我们！
司空震在地下城发现了机关兽并私下研究，武则天发现端倪并派上官婉儿私下调查，而尧天组织也有自己的打算……几股势力交织在一起，暗潮涌动。在最终爆发的共同危机面前，众人还是为了长安的安危，力排万难，合力解决了机关怪兽，长安城恢复了安宁。
车祸身亡的林渊，意外地穿越到了平行世界，并成为了一头自带签到系统的怪兽！在马里亚...
中野（诹访部顺一 配音）是一个标标准准的社畜，在黑心公司上班的他每一天都会受到老板无情的压榨，下班后筋疲力尽的回到家中，等待着他的是冷冷清清的黑暗房间，还有一堆因为没有精力做而放置在那里的家务。对于未来，中野看不到一点希望，他只是闭着眼睛过着眼前的一天又一天而已。 一天，和往常一样，中野闷闷不乐的回到家中，让他没有想到的是，一只小狐仙（和气杏未 配音）就这样出现在了他的视野之中，在误打误撞之中突如其来的狐仙不忍心看到中野颓废的现状，于是暂住在他家，担负起了打理家事的责任。有了小狐仙，中野每天回家的脚步似乎变得轻快了一些。
为了迎接未知的挑战，闪电机甲全新升级加入作战，他们的机车可以变形为机甲状态，动物们可以通过跟小雨点结合进而召唤出带有动物特点的武器，对抗以霹雳为首的恐龙队。护卫队成员们在任务中相互协作，发挥各自特长，不仅帮动物们解决问题，还向动物们学习本领，一起成长！
第三季结束的两年后，卡勒姆依然因为瑞拉的离开而无法释怀。与此同时，克劳迪娅复活了父亲威伦，神秘的摘星精灵阿拉沃斯又有何种计划？
