故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
《明明白白我的性》是由明白学堂出品的系列影片之一。它以动画的形式，科学、激萌地讲解了那些我们不该了解的该了解的但都还不太了解的性知识。片中的三位主人公里，李小白活泼鬼马，王小明是个变装癖，他们在性知识上都有很多困惑。而闷骚的G博士博学广识，对他们的疑惑一一解答。
