最笨拙的探险家泰德.琼斯必须从一名寻找美达斯王的百万富翁手中夺回心爱的莎拉。
一场天灾浩劫，紫魔兰在人类居住的山谷肆意滋长，它能够使人沉沦直至失去生命，只有花千谷由于花神树的镇守而幸免于难。但神兽凤凰从山谷外带来的紫魔兰毒浸染的婴儿打破了花千古的平静。花千谷的国王和王后违背了花千谷不让外人进入的祖训收留了这个婴儿，取名牡丹公主，抚养她茁壮成长。花神树突然凋谢，牡丹公主一病不起，让花千谷上下疑窦众生，纷纷向国王请愿送走牡丹公主。王后无法割舍母女之情，向花神树寻求帮助，自愿舍身去黑色结界历劫，让花魂回来，但由于紫魔兰强大的力量，王后被困一去不回。十年后，牡丹长大，紫魔兰卷土重来,花千谷遭遇了前所未有的劫难。牡丹公主谨记王后的教诲，为拯救花千谷，带上花魂种子踏上冒险之旅。
赛文离开约30年后的地球。被不知什么人所攻击而受伤的赛文，以坠落形式再次来到地球，故事开始。出席了地球环境保全委员会的古桥队长，遭遇到了超级太阳能设备的爆炸事故。因为原因不明的爆炸事故，奥特警备队开始展开调查。某夜，安奴的儿子在森林中目击到了谜之少女与怪兽。匹特星人展开了新的侵略计划。
在遥远的东海海域，曾经有一位人称黄金大海贼的海盗名叫邬南。他从来不欺凌百姓，只与其他邪恶的海贼拼杀，并由此聚敛了堆积如山占世界总量三分之一的黄金，他的财富可以将夜晚照得亮如白昼。邬南将这些黄金藏在一个不知名的小岛上，随后不知去向。众海贼们无不垂涎于那座黄金山，而邬南手下当初绘制的藏宝图更成为海贼们竞相追逐的对象。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。 Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......
