该剧集延续上一部《金光御九界之墨武侠锋》，讲述了墨乱祸世，九界濒危，墨家九算野心逐一浮现，俏如来等人如何一阻墨乱；另一边，佛门变劫再临，紫金钵之秘将揭开千年圣战，九界之一的佛界天门与地门之间再起冲突！
机智勇敢的龙宝们与邪恶大魔王展开了一段惊险刺激对抗，经历重重关卡解救了被愤怒烟雾控制的恐恐小镇居民们。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
