在第二季中，那须田步（冈田 饰）和九鬼静（中井 饰）这对搭档，在“工作方式改革”的浪潮席卷下，降临到了越来越混乱的日本医疗界。除了医生的短缺，医生和护士的加班时间也受到很大的限制，在不断缩小的生命现场，挑战新的战斗。
主人公吴邪（侯明昊 饰）身为老九门吴家后人，从机关重重的战国墓“七星鲁王宫”九死一生逃出生天后，回到家中发现三叔吴三省（姚橹 饰）失踪，还牵扯出十几年前的一桩考古队谜案。吴邪接到神秘的阿宁来信，为找到三叔，他前去西沙明代沉船葬海底墓寻找线索，遇到自七星鲁王宫分别的王胖子（张博宇 饰），还发现神秘古物蛇眉铜鱼，以及失忆的张起灵（成毅 饰），而小哥来到西沙海底墓似乎还另有原因。在潜入神秘的明代船墓过程，遭遇海猴子、禁婆等怪物的攻击，最终突破奇门遁甲的层层机关返回陆地。然而蛇眉铜鱼、六角铜铃的线索又将他们指引到秦岭，去探寻巨大青铜树的秘密。
