青野月音（岸尾大辅 配音）是一个平凡的少年，机缘巧合之下，考试落榜的他进入了阳海学园开始了崭新的高中生活。谁知道，阳海学园是一所聚集了各路妖怪的妖怪学园，还不知情的青野在这里会有着怎样的命运呢？在学园里，名叫赤夜萌香（水树奈奈 配音）的娇俏少女让青野久久不能忘怀，而他 不知道的是，萌香的真实身份其实是吸血鬼。此外，拥有催眠能力的梦魔黑乃胡梦（福圆美里 配音），古灵精怪的魔女仙童紫（古山贵实子 配音），跟踪狂雪女白雪美逸（钉宫理惠 配音），这些外表或是性感或是可爱的妖怪们接连出现在了青野的身边，并对青野发出了求偶的信号。一时间，青野陷入了难以抉择的境地。
热爱科学的小男孩尼克，在3D打印机上创造了拥有智慧的机器人，并成为了他的小伙伴。机器人小伙伴们个性迥异，都有特别的“功能”，和尼克有着深厚友情。他们会为谁是尼克最好的朋友而争吵，他们经常试图帮助尼克，但常常帮倒忙而让事情更糟糕，但只要他们团结在一起，发挥各自长处，往往就能实现了不起的成就。
住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。
